Само по себе то, что при прежнем въезде сотрудник сфотографировал украинский загранпаспорт, провёл опрос и не поставил в нём штамп, не означает запрета на выезд из Краснодара. Если у вас есть действительный российский загранпаспорт, предъявите его на российском выездном контроле: гражданин России выезжает из России по российскому документу, даже если у него есть украинский паспорт.
Из вопроса неясно, по какому документу был оформлен прежний въезд: показанный украинский паспорт не обязательно был документом въезда. Возьмите оба паспорта, чтобы при вопросах о прежней поездке объяснить обстоятельства; для въезда в Молдову потребуется действительный принимаемый ею проездной документ. Если российский загранпаспорт недействителен либо действует отдельное законное ограничение права на выезд, в выезде могут отказать. По одному факту фотографирования украинского паспорта определить наличие такого ограничения нельзя.