Экосистемы не существуют в одиночку. Они всегда находятся в контакте с соседними экосистемами. И обычно их границы четко не определены и могут пересекаться. Есть определенные территории, границы которых относительно выражены, например экосистемы моря и суши. В них присутствуют некоторые общие живые организмы, такие как птицы, которые осуществляют обмен неорганическими питательными веществами. Например, фосфор, присутствующий в море, доставляется на сушу морскими видами птиц.
Границы экосистем действительно пересекаются, и эти области являются переходной зоной, также известной как экотон. Экотон — переходная территория между двумя разными биомами, например, лесом и степью. Он имеет некоторые характеристики каждого пограничного биологического сообщества и часто содержит виды из обоих экосистем. Экотон может существовать вдоль широкой полосы или в небольшом кармане, например, на лесной поляне, где два местных сообщества сливаются вместе. Во многих случаях количество видов и плотность населения внутри экотона больше, чем в окружающих экосистемах, и это явление известно как краевой эффект. Некоторым организмам переходная зона необходима для размножения, гнездования или добычи пищи. Экотоны также образуются в местах, где один водоем встречается с другим (например, эстуарии и лагуны) или на границе между водой и сушей (например, болота).
