Острова Японии простираются на большое расстояние с севера на юг и охватывают субтропический и тропический климатические пояса. Это приводит к большому разнообразию флоры и фауны, несмотря на изоляцию Японии от материка Евразии. На севере страны существует много субарктических видов, которые колонизировали Японию с севера. На юге есть виды из юго-восточной Азии, типичные для тропических регионов. Между этими районами находится умеренная зона, которая разделяет животный мир с Китаем и Кореей. В Японии также встречается много эндемичных видов.
Млекопитающие
Около 130 видов наземных млекопитающих встречаются в Японии. Самыми крупными из них являются два медведя. Бурый медведь (Ursus arctos) встречается на острове Хоккайдо, где он играет важную роль в культуре местных жителей.
Гималайский медведь (Ursus thibetanus) распространен в горных районах в Хонсю, Кюсю и Сикоку.
Меньшие плотоядные животные включают красную лису (Vulpes vulpes), енотовидную собаку (Nyctereutes procyonoides) и японского соболя (Martes melampus).
В Японии есть две дикие кошки: бенгальская кошка (Prionailurus bengalensis) встречается на острове Цусима, а ириомотейская кошка (Prionailurus iriomotensis) эндемичная для острова Ириомоте.
Пастбищные млекопитающие включают пятнистого оленя (Cervus nippon), японского серау (Capricornis crispus) и кабана (Sus scrofa).
Среди самых известных млекопитающих Японии — японский макак (Macaca fuscata), самая северная обезьяна в мире.
Морские млекопитающие включают дюгоня (Dugong dugon), беспёрую морскую свинью (Neophocaena phocaenoides) и северного морского льва Стеллера (Eumetopias jubatus).
Птицы
В Японии зарегистрировано более 600 видов птиц. К эндемичным птицам относятся японский зелёный дятел (Picus awokera), медный фазан (Syrmaticus soemmerringii) и национальная птица Японии — зеленый фазан (Phasianus versicolor). Несколько видов уникальны для небольших островов, включая ямбару-куина (Hypotaenidia okinawae) и островного дрозда (Turdus celaenops). Большинство неэндемичных птиц Япония разделяет с Китаем, но некоторые из них родом из Сибири или Юго-Восточной Азии.
Весной и осенью большое количество перелетных птиц мигрируют через Японию, включая множество куликов. Зимой некоторые районы важны для лебедей, гусей и журавлей.
Рептилии и амфибии
В Японии насчитывается около 73 видов рептилий, из которых почти половина эндемиков. Морские черепахи и очень ядовитые, но не агрессивные морские змеи, в том числе черный полосатый морской пролив, встречаются в более теплых водах вокруг южной Японии.
Ядовитые змеи включают в себя тигрового ужа, жёлто-зелёную куфию, восточного щитомордника и др. Многие виды гремучих змей являются эндемичными для островов в более теплой группе островов Рюкю, однако восточные щитомордники (Gloydius blomhoffii) находятся на главных островах. Эндемичными ужеобразными змеями, обнаруженными в Японии, являются: малочешуйчатый лазающий полоз, тонкохвостый лазающий полоз, островной полоз и японский полоз.
Ящерицы включают в себя много эндемичных видов (особенно на южных островах) таких, как живородящая ящерица (Zootoca vivipara) и др.
Есть более 40 видов амфибий, включая японскую исполинскую саламандру (Andrias japonicus), одно из крупнейших земноводных в мире. Особенно хорошо представлено семейство углозубов (Hynobiidae); многие представители семейства обитают только в Японии.
Рыбы
В Японии зарегистрировано более 3000 различных видов рыб. Важными пресноводными рыбами выступают аю (Plecoglossus altivelis), обыкновенный карась (Carassius carassius) и обыкновенный карп (Cyprinus carpio).
Известными андаромными рыбами являются шесть видов лососевых, включая чавычу, кету, горбушу, кижуча, нерку и мазу. Японский таймень (Hucho perryi) — самая крупная рыба, которая попадает в пресную воду в Японии и может достигать длины тела до 2 метров. Японский таймень — это находящийся под угрозой исчезновения вид, включая японскую популяцию, которая ограничена реками и окружающим остров Хоккайдо океаном. Также присутствует крупночешуйная краснопёрка-угай (Tribolodon hakonensis).
Важные морские рыбы включают красного пагра (Pagrus major).
Малоизвестная акула-домовой (Mitsukurina owstoni) и плащеносная акула (Chlamydoselachus anguineus) являются глубоководными видами, распространенными у берегов Японии.
Насекомые
В Японии насчитывается около 300 видов бабочек, в том числе несколько тропических видов из подсемейства данаиды. Есть около 190 видов разнокрылых стрекоз, в том числе Epiophlebia superstes. Другие известные насекомые в Японии включают цикад, сверчков и светлячков. Просмотр Firefly — популярная туристическая достопримечательность в некоторых районах.
Японский гигантский шершень является крупнейшим в мире шершнем, а его укус опасен для жизни человека. Некоторые из бабочек находятся под угрозой исчезновения и, поэтому они внесены в Красный список. Одним из примеров является Niphanda fusca, которая подвергается опасности вымирания, из-за меняющихся экосистем, особенно это происходит в течение последних 40 лет.
